Le climat est de type tropical, chaud en toute saison (moyenne de février à San Juan 19 °C, moyenne d'août 31 °C). La cordillère et le versant nord, exposés à l'alizé, reçoivent d'abondantes précipitations (de 1.500 mm/an près de la côte à 3.000 mm en altitude), le versant sud sous le vent reçoit de 600 à 900 mm/an. Des typhons dévastateurs frappent souvent l'île en septembre-octobre.